Скопскиот маратон,  Првата маратонска трка  од меѓународен карактер насловена “Скопски Маратон” во Скопје е одржана во 1997 година по иницијатива на познатиот спортки работник Професор – тренер, Душан Ангеловски. Наредната 1998 година маратонот го организираше Михаил Пановски со група спортски работници, потоа следуваше пауза се до 2007 година.

Маратонот беше обновен во 2007 година на иницијатива на Евро амбасадорот Ерван Фуере и на тогашниот градоначалник на Скопје, Трифун Костовски, а организацијата беше доверена на Сојузот на спортови на Скопје. На програмата беа три трки: полумаратон, 5.000 метри и 2.000 метри. По успешната организација на полумаратонот во 2007 година беше донесена одлука од следната 2008 година да се организира и маратонска трка.

За успешна организација на маратонот, Сојузот на спортови на Скопје формираше организационен одбор, во чиј состав беа и се уште се покрај другите носители на организацијата: Ѓорѓи Кузмановски – Претседател, Кире Синадиновски – Директор, Гордана Николовска – секретар и маркетинг, Иван Лесевски – волонтери и техничка организација, Крсте Војнески – патека и техничка организација, Дејан Ангеловски – судии, Дејан Панчевски – сообраќајно обезбедување на улиците.

Со обновувањето на Скопскиот маратон во 2007 година, со полумаратонската трка, се создаде голема мотивација за маратонското трчање, за што спортските работници, добро се организираа и со подршка на покровителите; Градот Скопје, канцеларијата на ЕУ во Скопје и Агенцијата за млади и спорт на Р. Македонија, секоја година ја подбруваа организацијата на маратонот, што придонесе секоја година да се зголемува и бројот на учесниците.

Патеката на Скопскиот маратон, од 2008 година има сертификат од Асоцијацијата за маратони и улични трки (АИМС) со што се признаваат сите постигнати резултати и рекорди.